Основната му цел е да дава висше образование и да подготвя учители за средните училища. На 8 декември същата година Петото обикновено народно събрание приема Закон за отваряне на Висше училище в София, което от 1889 г. е с тригодишен срок на обучение. През януари 1904 г. учебното заведение е преименовано на Български университет „Братя Евлогий и Христо Георгиеви от Карлово”, а година по-късно е с настоящето наименование.
За първи ректор е избран Александър Теодоров – Балан, а сред преподавателите изпъкван Иван Георгов и Любомир Милетич. Отворена е и Университетската библиотека. Първоначално се обособяват Историко-филологически, Физико-математически и Юридически факултет. По-късно са открити Медицински, Агрономически, Богословски, Ветеринарен, от 1924 г. Ветеринарномедициски факултет. През 1900 г. започва да излиза „Годишник на висшето училище”, в който се публикуват научните трудове на университетските преподаватели.
През 1938 г., когато тържествено е отбелязана 50-годишнината на Софийския университет, неговата структура включва седем факултета с 20 специалности, 179 преподаватели и 5184 студенти. След 9 септември 1944 г. обучението е преустроено на марксистко-ленинска основа. Отстранени са много преподаватели и студенти, обявени за „противонародни елементи”. Променена е структурата на университета, като са отделени и обособени самостоятелни факултети и институти. Законът за висшето образование от 1995 г. провъзгласява академичната автономия и самоуправление и Софийският университет навлиза в нов етап от своето развитие. Въведени са три степени на университетско образование – бакалавър, магистър и доктор. В университета започват да функционират Център по европеистика, Френско-български институт за висши изследвания и институт „Германикум” за германистични изследвания. През 1998 г., когато чества 110-ата си годишнина, университетът има 15 факултета с 68 специалности, 1695 преподаватели и 27 082 студенти. Това го превръща в най-големият учебен и научноизследователски център в България.
Сградата на Софийския университет е паметник на културата с национално значение. Построена е със средства, предоставени на българското правителство от видните български общественици и търговци Евлогий Георгиев и Христо Георгиев. Даряват място от 10 200 кв. м. и 6 800 000 златни лева за изграждане на сградата и за издръжката на висше училище в София. Основният камък е положен през 1920 г., а централната част (Ректоратът) е построена през 1924 – 1934 г. Интериорът е в духа на Късния френски ренесанс. От двете страни на главния вход са скулпторните фигури на братята Евлогий и Христо Георгиеви. В централната сграда на университета има 324 помещения, от които 65 аудитории с около 6000 места. Новите северно и южно крило започват да се строят през 1941 г. и напълно са завършени през 1985 г. Днес в отделни сгради се помещават Физическият, Химическият, Биологическият Богословският, Медицинският, Стопанският и други факултети.
